國家公園轄區內基於生態、保育之理念，依國家公園法等相關規定劃分不同分區進行管制，但鑒於建築管理所涉業務，除關乎國家公園土地利用管制之審核問題外，其他如違建之查報拆除，建築物景觀之美化維護及使用管理等，亦均影響國家公園之整體景觀至鉅，與座落所轄地方政府建築管理及都市計畫法令規定不盡相同，爰此為有效推展國家公園之管理及建設工作，故內政部依建築法第2條第2項規定從民國78年起陸續將各國家公園管理處指定為特設主管建築機關並接管各轄區內之建管業務迄今。