壽山國家自然公園擁有獨特之珊瑚礁植被、珍貴之史前貝塚遺跡及臺灣彌猴等豐富資源，具備國家自然公園之優越條件，於80年代，高雄在地社團及保育人士關注到壽山地區環境生態面臨的水泥開發與軍事管制等問題，自發性發起一連串的保育行動，促成壽山等地軍事管制區域縮減、結束水泥採礦及結合地方政府遏止濫墾濫建及遊憩破壞等不當行為，然而為更有效管理並永續保護壽山的自然生態與人文史蹟，關愛自然保育的NGO團體(如柴山自然公園促進會等)，以由下而上方式，推動成立高雄市壽山自然公園。

     把壽山升格為國家自然公園，是行政院吳敦義院長擔任高雄市長時就有的夢想，而2009年10月吳敦義院長南下勘災時，高雄市長陳菊也提出希望成立國家級的壽山自然公園之建議。內政部營建署隨即進行勘查、評估及計畫研擬等相關作業，並戮力推動完備國家自然公園法源依據，完成辦理國家公園法部分條文修法，基於資源永續保育之需，對於具有保護價值，而其規模或項目具有準國家公園條件者，以新增「國家自然公園」方式，納入國家公園體系。2010年11月12日國家公園法部分條文修正案三讀通過，明定國家公園之分級、分類及國家自然公園劃設及經營管理適用國家公園相關規定等，正式賦予壽山國家自然公園法源依據。並於2010年12月8日公布，賦予「壽山國家自然公園」設立法源依據，未來對於具有保護價值，而其資源豐度或面積規模較小者，將以「國家自然公園」方式，納入國家公園體系予以保護。而「壽山國家自然公園」計畫書、圖亦於2011年4月14日報奉行政院核定，2011年11月1日公告實施，「壽山國家自然公園」正式劃設成立，劃設範圍包括：壽山928.714公頃（排除桃源里舊聚落、中山大學及台泥私有地）、半屏山163.3公頃（包括山麓園滯洪沈砂池）、大小龜山及鳳山縣舊城遺址19.39公頃、旗後山11.25公頃等地，面積總計約1,122.654公頃，100年12月6日正式開園，108年11月28日成立「國家自然公園管理處」進行管理及推動辦理各項業務，達到生物多樣性保育、環境教育、生態旅遊及文史資源永續利用等多方面之效益。