每年來到臺灣的候鳥很多，大家經常會見到的是雁鴨與鷸鴴類的水鳥。水鳥主要會在濕地環境中活動，濕地是處於陸域生態系和水域生態系之間的過渡性地帶，其廣泛分布於世界各地，擁有豐富的野生動植物資源，是很重要的生態系統。依據國際拉姆薩濕地公約對濕地的定義：「濕地是指沼澤（marsh）、泥沼地（fen）、泥煤地（peatland）或水域所構成之地區，無論是天然或人為、永久或暫時、靜止或流動的、淡水、鹹水或兩者混和，其水深在低潮位時不超過6公尺者。」包括池塘、潮汐灘地、泥沼地、沼澤區、低窪的積水區和農田等，都是屬於濕地的類型。

雖然水鳥都會利用濕地，但根據鳥種的不同，其利用的濕地類型也不相同。像是雁鴨科的鳥類會浮水游弋，吃水中的植物與魚蝦，因此常出現在水位較深的池塘或沼澤，此區也會有吃魚的猛禽(例如魚鷹和黑鳶)來此活動。而不是很會游泳但腿很長的鷺科、䴉科鳥種，會捕食魚蝦蟹，常會利用水深較淺的水域，如河口的淺水區，或是積水的農田等環境覓食；而腿短、腳趾長且會游泳的秧雞，也會利用此類濕地。此外，來臺度冬數量最多的鷸鴴科鳥類，多數是利用開闊的泥灘地。鷸鴴科鳥類主要食用小型無脊椎動物、蠕蟲、及甲殼類等，常在河口和海岸的泥灘地覓食，泥灘地便成為這些鳥種的主要棲息地。此外，因泥灘地多屬開闊地，較少遮蔽物，因此在泥灘地活動的鳥種，大多是整群活動，以降低被掠食者捕食的機會。宜蘭地區的農田於冬季時，有些田地仍會持續蓄水，也會吸引一些鷸鴴科鳥類停駐覓食。另有一些特殊的鳥種，如水雉，會利用菱角田，或是長滿布袋蓮的廢棄魚塭，作為其活動的主要棲地。除上述比較常見的候鳥，出現在一般認知的濕地之外，還有一些候鳥會出現在不典型的濕地。像是一些海鳥，會沿著海岸線活動，捕食海面上的小魚，甚或在沙灘上繁殖，如小燕鷗。

濕地環境其實不是只有水域的部分，有些濕地範圍內還是會有灌叢、長草區、以及樹林的部分(例如紅樹林)。這些濕地裡的陸域環境，就會有很多比較小型的鳥類，如鶯、鵐、雀及鶇科的鳥類，在其間活動。而這些在陸域環境活動的鳥類，則被稱之為陸鳥。

候鳥中的陸鳥種類很多，牠們來到臺灣之後，不像水鳥群聚在濕地活動，而是四散各自飛至適合的棲地。許多陸域的候鳥會在草生地上活動，草生地又分為長草與短草，如鶇科、鶺鴒科、百靈科、鵐科等會在短草區活動，在短草區活動的鳥類會因避敵需求，比較會成群活動；在長草區活動的包括鶯科、鵐科、鶲科鴝屬、鷹科鷂屬的鳥種，在長草區活動，因有遮蔽保護，較多獨自活動，另隼科也會在草生地的上空尋覓食物。

與草生地相鄰的棲地，像是連續的灌叢或是小樹林，有時會與草地形成較複雜的生態區間，即群落交錯區。此區因為有草地也有樹林，因此二區會有的鳥種都有可能會出現。最後是樹林區，在臺灣，樹林區的海拔高度，可以由海邊的保安林至海拔3,000公尺高的天然林，這些都是屬於樹林類型。但由於高海拔的天然林，冬季的食物量不是很豐裕，而且在相同的棲位，可能已有相似鳥類在使用，因此晚來的候鳥會因搶不到足夠的食物，而放棄競爭這類棲地，轉而利用較易獲得食物的區域。像是低海拔低干擾的次生林，人工林，甚至果園，都有機會見到許多種的候鳥。樹林中容易見到的候鳥，包括有鶇科、雀科、山椒鳥科、鷹科、鴟鴞科等。

鳥類的遷徙過程是極為消耗能量且危險性極高的，因此對某些鳥類或其族群而言，必須要有足夠的實質性效益，這些鳥類才會進行遷徙。而這些可能的效益因素，首先是要能遠離會致死的因素，像是不適居住的天候，如低溫。在高緯度的地區，冬季時氣溫對某些鳥種而言會降到致死的程度，為避免遭遇這種低溫，這些鳥類會在冬季到來之前，遷徙至較為溫暖的區域度冬。其次，冬季食物量不足可能會造成餓死的情況，這也是鳥類族群要避免的。且多數昆蟲會因低溫死亡，所以有些昆蟲冬季會離開高緯度區域，去溫暖區域避寒，而食用這些昆蟲的鳥類，也會隨之移動，以確保有足夠的食物。待溫暖季節再次來臨時，再返回繁殖地進行繁殖。

先天基因決定了遷徙能力的優劣，而透過後天經驗，不斷累積遷徙的能力，惟有能夠通過遷徙重重考驗的個體有機會存活及留下子代，將其基因繁衍到下一代。

因遷徙是極為耗能的行為，所以鳥類在開始遷徙之前，首先要儲備燃料，也就是在身體裡貯存脂肪，以應付長途飛行所需的能量。而為了增加身體裡的脂肪，遷徙鳥類會在出發前大量食用富含能量的食物。此時的遷徙者會呈現不休息的狀態，努力進食，而其因飲食過多，便形成很多脂肪存在身體裡。一般而言，不遷徙的鳥類為了過冬，還是會增加身體的脂肪約3%-5%。而短距離遷徙的鳥類會增加體重約13%-25%的脂肪；長距離遷徙的鳥種，甚至增加脂肪達體重的30%-47%，以進行長距離的飛行。此外，也有些候鳥會在遷徙途中，增加中途停駐休息時間，藉以大量進食，補充繼續飛行的能量。

有些候鳥遷徙時會飛越數千公里的距離，然而這麼遠的距離，這些遷徙者是如何找到正確的路徑，才到達其目的地? 根據研究指出，候鳥是有一些特別的能力，幫助牠們找到正確的方向。首先，多數鳥類是利用視覺，依據其所看到的地形地貌，決定飛行的方向，例如，沿著海岸線或是山脈走向而飛行。這種大型的參考物，導航時應是不易出錯，卻也同時顯示出鳥類可能有記憶的能力，使其每年遷徙都能夠走類似的路線。其次，透過科學家的實驗證明，發現椋鳥與家鴿能夠利用太陽的方位，進行導航，從而飛往正確的方向。且家鴿對太陽方位的導航，甚至可依不同時間、不同方位角做修正，顯示家鴿對時間可能有初步的認知。候鳥白天遷徙時，可利用太陽做導航，但還有很多水鳥是在夜間進行遷徙，而這些夜間遷徙者就只能依賴星星的位置做為參考。根據研究實驗的結果，一些夜間遷徙的鶯科鳥類，會認星象的相對位置，從而得知飛行應朝向的方位。

除利用太陽、星星來引路之外，海燕與一些鳩鴿，能夠利用嗅覺，依循某些氣味，從而找到回家的路。不過用嗅覺找路，可能只有少數鳥種可以辦到，且需同時配合視覺或其他方式的導引，才能達到最好的效果。鳥類還有一種導航的能力比較特殊，即一些遷徙者體內可感受到地球的磁力，藉由地磁進行導航。研究指出一些遷徙者視覺神經系統中的部分光感受器，會特化成可感受地磁的能力，藉以幫助遷徙者飛行時能導航至正確的路線上。最後，經驗學習也是遷徙者做方位判別的重要方法之一。許多出生沒幾個月就要開始進行遷徙的鳥類，因為沒有遷徙經驗，死亡率極高。這些不滿一年的亞成鳥，只能向有遷徙經驗的老鳥學習，或是跟隨遷徙隊伍邊走邊學，才能知道在遷徙過程中如何判方位，以及如何應變等。

灰面鵟鷹與赤腹鷹是臺灣數量最多的過境猛禽，灰面鵟鷹每年在10月10日前後，會有成群個體大量經過恆春半島，因此有「國慶鳥」之稱。早期灰面鵟鷹過境時，因當時人為捕捉盛行，曾有「一萬死九千」的諺語形容當時被捕獵的狀況。近年來因保育觀念的普及與法律的明文規範，灰面鵟鷹過境臺灣時，已不會再遭受大量捕獵。赤腹鷹在秋季比灰面鵟鷹更早南遷經過墾丁國家公園，牠們的數量比灰面鵟鷹的數量多，有時一天內會有數千至上萬隻通過的紀錄。由於這兩種猛禽，每年都會大量經過墾丁國家公園園區，因此墾丁國家公園會在秋季的滿州鄉舉辦「琅嶠鷹季」，邀請社會大眾一起到墾丁欣賞猛禽南遷的盛況。

玉山國家公園區內，位於新中橫公路的塔塔加遊憩區，是賞鳥的絕佳區域。當遷徙過境期間，清晨可在這裡看到猛禽的起鷹，是秋季欣賞灰面鵟鷹、赤腹鷹過境的好去處；甚至夜間，因為某些夜間遷徙鳥類的趨光習性，有時可遇到大量紅尾伯勞或是零星的鶯科鳥類。

陽明山國家公園緊鄰大臺北都會區，造訪的遊客數相對較多，對鳥類的干擾也較大。加上園區特殊的火山地質地形，使得較少候鳥在這裡做長時間的停留。但因園區位處臺灣北端，是秋冬候鳥到達臺灣的第一站，所以在園區周邊，便有一些看候鳥的絕佳地點。例如：關渡自然公園是看雁鴨與鷸鴴的好地方，有時也會有黑面琵鷺的出現。另外是野柳和金山活動中心，這兩處是看稀有的鶲科、鶇科、甚或是迷鳥的好地方。當有稀有鳥種出現時，每每吸引大批鳥類攝影者，來此拍攝遠道而來的嬌客身影。

太魯閣國家公園以陸域候鳥為主，園區內的布洛灣遊憩區，因為是寬闊的台地且交通便於抵達，成為一處很好的賞鳥地。每年冬季，有不少鶇科及鵐科的鳥類，會在布洛灣的草地上漫步，枝枒間覓食。有時，甚至可在此處遇到難得一見的迷鳥，如2016年的銅藍鶲。

鴛鴦是多數民眾都有聽過的鳥種。其實鴛鴦在臺灣有一部份是留鳥，全年在臺灣的山區水域中活動，但也有一部份是從日本或是俄國西伯利亞、中國東北地區來臺度冬。 由於鴛鴦喜歡在山區的水域環境中覓食，在雪霸國家公園中的七家灣溪或其它區域高山湖泊中，有機會看到牠們的身影。冬季時，鴛鴦則會降遷至德基水庫或是低海拔山區度冬。

栗喉蜂虎是金門地區的夏候鳥，主要出現的時間是每年4 ~ 9 月。當栗喉蜂虎抵達金門時，幾乎到處都可見到栗喉蜂虎停棲於電線上或樹梢枝頭。栗喉蜂虎會選擇沙質環境作為築巢的處所，包括海岸的沙壁、沙質的田埂、沙質的水池壁及有陡峭面的大型沙堆等。由於牠們是群聚繁殖，因此栗喉蜂虎的巢區，便成為適合觀察的地點。

金門地區的冬候鳥種類豐富，鸕鶿則是其中體型及數量最為龐大的族群。每年大約10月下旬，鸕鶿會由高緯度的北方飛到長江以南的湖泊及金門越冬，並於12月前後數量達到巔峰，上萬隻鸕鶿在金門地區棲息度冬，直到次年3月底，才又陸續飛返長江以北地區繁殖。目前，鸕鶿在金門地區的夜棲地，共有慈湖、太湖和烈嶼的西湖等三處，其中以慈湖的夜棲地最大。

東沙環礁國家公園中的東沙島是東亞-澳洲遷徙線上候鳥重要的中繼站。雖然島上只有一種留鳥-白腹秧雞，但紀錄的鳥種約有300種左右。每年除6-7月繁殖季時候鳥數量較少外，8月開始有候鳥開始停留及過境，一直持續到寒流來，達到高峰期。來年3-5月又開始另一波過境。東沙常見的冬候鳥有翻石鷸、高蹺鴴、金斑鴴、黃頭鷺、小白鷺、大白鷺、灰鶺鴒、紅隼及燕鴴等，稀有特殊的有軍艦鳥、鵟、棉鴨及黑面琵鷺等。

小潟湖及小水池是島上最適合觀查水鳥的地方。退潮時，小潟湖口附近會有各種鷸鴴科及鷺科鳥類成群覓食。長腳的逆著水流站著，凝神等著水中的美食。短腳的用其各式各樣的喙翻找泥沙中潛藏的珍饈。神秘的東沙令人嚮往，但目前仍以保育及研究為主，尚不開放。

提到台江國家公園的候鳥，首先會想到的就是黑面琵鷺，於 1990年的報告指出，全球黑面琵鷺僅剩288隻，國際自然保育聯盟遂於1996年起將黑面琵鷺列在瀕危動物名錄之中。每年10月至隔年4~5月，都會有大批黑面琵鷺來到臺灣度冬，台江國家公園及其周邊區域是臺灣黑面琵鷺數量最多的地方。2020年的國際普查，總共記錄到有2,785隻黑面琵鷺停留臺灣，而在台江國家公園範圍內就記錄到將近七成，計1,839隻黑面琵鷺，這是近年來的最大量，也顯示這些年來的保育工作有所成效。

壽山國家自然公園的半屏山園區在民國86年停止採礦後，如今已成為樹蔭蓊鬱的淺山山林，是過境禽鳥休憩的中途站。每逢春、秋2季，常見有灰面鵟鷹、赤腹鷹、遊隼及蜂鷹等過境候鳥在空中或林間飛行穿梭。春過境首先登場的是灰面鵟鷹，在春分前後出現壯觀的鷹河；清明節左右赤腹鷹接著上場；秋季則為隼常見季節，兩季過境的猛禽均是賞鷹愛好者目光追逐的焦點。

半屏山園區內設有登山步道、涼亭及瞭望台等設施，提供賞鷹合適場域，除可目睹過境猛禽壯觀場面，半屏山西側林蔭木棧道，也可觀賞到小彎嘴畫眉、斯氏繡眼、山紅頭、繡眼畫眉、黑枕藍鶲…等低海拔常見鳥類，推薦民眾可步行經過大岩壁或大榕樹的林蔭步道，來一場賞鳥森林浴。

燕鷗是澎湖南方四島國家公園的一大特色。澎湖周邊有許多無人島，島上常有海鳥的棲息分布，是候鳥遷徙渡海時重要的中繼站。澎湖南方四島國家公園以春、冬兩季節候鳥的數量最多，是賞鳥的最佳時機。春過境候鳥有灰面鵟鷹、赤腹鷹、日本松雀鷹、鷸鴴科水鳥、燕鷗類、杜鵑科鳥類、叉尾雨燕、紫綬帶、灰沙燕、北蝗鶯、矛斑蝗鶯、灰斑鶲和小鵐等，冬過境則可記錄到紅尾伯勞、褐色柳鶯、野鴝和東方黃鶺鴒等候鳥。而夏季時，大量的燕鷗包括玄燕鷗、白眉燕鷗、蒼燕鷗、鳳頭燕鷗會在這些無人島上繁殖，當繁殖季末期，亞成鳥開始學習覓食時，可以看到數量眾多的各類燕鷗在島嶼近海飛行，此時也是觀察白眉燕鷗及鳳頭燕鷗的好時機。